QGIS3 python レイヤ

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レイヤの一覧を照会

for layer in QgsProject.instance().mapLayers().values():
    QgsMessageLog.logMessage(layer.name(), 'test plugin', Qgis.Info)

レイヤIDからレイヤを求める

layerTreeLayer=QgsProject.instance().layerTreeRoot().findLayer(layers[0].id())
layer = layerTreeLayer.layer()

レイヤ名からレイヤのリスト（List[QgsMapLayer]）を照会

layers=layerTreeLayer=QgsProject.instance().mapLayersByName(レイヤ名)

レイヤの表示、非表示を切り替え

QgsProject.instance().layerTreeRoot().findLayer(レイヤID).setItemVisibilityChecked(False)

setItemVisibilityCheckedはQgsMapLayerのメンバーではなくQgsLayerTreeNodeのメンバー。
QgsLayerTreeNodeはQgsLayerTreeLayerの基底クラスであり、QgsLayerTreeNodeはQgsLayerTreeGroupのfindLayerで照会