プロジェクトのCRSを設定

from qgis.core import QgsProject
crs = QgsCoordinateReferenceSystem("EPSG:2541")
prj = QgsProject.instance()
prj.setCrs(crs)

設定した投影がステータスバーに反映される

設定した内容を確認

print("CRS Description: {}".format(crs.description()))
CRS Description: JGD2000 / Japan Plane Rectangular CS IX