投影情報を持たないShapeファイルを読み込むと投影情報の確認ダイアログが表示される
これはオプションで新しいレイヤの投影座標系に「CRSダイアログを表示」が指定されているため

これを「プロジェクトのCRSを使用する」に変更するためにはQSettingで設定

QSettings().setValue( "/Projections/defaultBehavior", "useProject" )

※オプション画面のuiはqgsoptionbase.ui