ShapeFileのFeatureを削除したらREPACKエラーが発生しました。
REPACKエラーはShapeファイルのサイズをコンパクトにする際に発生したようだ！

ちなみに以下が削除のコード

iface.activeLayer().startEditing()
iface.activeLayer().deleteSelectedFeatures()
iface.activeLayer().commitChanges()

削除は以下でもOK

iface.activeLayer().deleteFeature(2)

どうやらテストで使ったShapeファイルが壊れていたみたい！