ArcObjectsではFeatureの選択はすべてのレイヤをレイヤを串刺しに選択されてしまう。
特定のレイヤだけを選択の対象とするには、選択対象以外のレイヤを選択不可にする。

for(int i = 0; i < cnt ; i++)
{
    ILayer curLayer =  axMapControl1.get_Layer(i);
    if(curLayer.Name == "ポリゴン")
    {
        if (curLayer is IFeatureLayer)
        {
            featureLayer = (IFeatureLayer)curLayer;
            featureLayer.Selectable = false;
            break;
        }

    }

}